首先一定要確保真空干燥機具有良好的真空度，因為只有真空干燥工藝才能防止因常壓熱風干燥而出現的物料外表硬化現象，并使得物料內和外面壓差變大，在此種壓力梯度下水分能快速移至表面，不會出現外表硬化。

其次，當真空干燥機在真空干燥的過程中，筒內壓一直處在低于大氣壓的狀態，氣體分子數量少，密度與含氧量低，便于易氧化藥物的干燥，降低物料沾染細菌菌的機率汽化狀態中的水其溫度與蒸壓成正比，因此在真空干燥時物料中的水分只需處于低溫狀態就能汽化，實現低溫干燥的目的。

還有就是真空干燥機對材質的規范要求，與物料親密接觸的零部件均必須是無毒性、抗腐蝕、不與藥品發生化學反應且不對藥品產生吸附力的，需配備材料質地文件作證明。

還需要注意的是，如果長期不同真空干燥機的話，必須將露在外面的電鍍件擦凈后涂上中性油脂，以防腐蝕；并套上塑料薄膜防塵罩，放置于干燥機的室內，以免電器元件受潮損壞，影響使用。